独自ドメインで設定したサブドメイン名を、後で変更することは出来ますか？

はい、可能です。
例えば test.gigaan.jp とつけたサブドメインを test99.gigaan.jp と変更することは出来ます。

但し、変更情報がネットワーク上に広がるまで暫くアクセスが不安定なことがありますのでご注意ください。