メーリングリストの件名に通し番号を付けることはできますか？

はい。可能です。

メーリングリストの管理画面「全体的オプション」のページで「件名の先頭に付ける語句」に以下のような設定をして下さい。

[Xbit-ML: %05d]

※ 赤字の部分はメーリングリスト名を入れていただければ結構です。
※ %05は5桁表示することを表します。桁数を変更したければこちらの数字を編集して下さい。